拟订农村卫生相关法律、法规、规章;拟订农村卫生事业发展规划,提出有关政策建议;负责农村基本卫生保健工作综合管理与评估,拟订农村基本卫生保健规划,并组织实施;负责新型农村合作医疗的综合管理,组织制定新型农村合作医疗政策,并协调、组织、指导实施;参与规划并指导农村卫生服务体系建设;指导地方依法开展乡村医生执业注册与相关管理工作;收集、分析农民健康状况信息,检查评价农村重要卫生政策实施落实情况;会同有关司局拟订涉及农村公共卫生、基本医疗和人才培养等工作的有关规划,并指导实施;承担国务院新型农村合作医疗部际联席会议办公室日常工作。